1. 정비사업조합의 토지관련 매입세액 종류=정비사업조합의 경우 토지관련 매입세액을 나열하면 다음과 같다.
도시설계용역비, 감정평가용역비(종후자산에 대한 감정평가용역비는 별개), 측량비, 지질조사비, 석면처리비, 이설비, 택지조성비산출용역비, 경관용역비, 건축물 철거용역비, 소화전이전비, 전화케이블이전비, 환경영향평가용역비, 교통영향평가용역비, 안전진단용역비, 신탁등기비, 기타 공통매입세액 중 토지 안분액 등이 있다.
2. 건물의 직접 건설원가 관련 매입세액=건물의 직접 건설원가 관련 매입세액은 건축설계용역비, 건설공사용역비, 친환경 건축물인증컨설팅용역비 등의 매입세액이 있다.
건축설계용역비와 건설공사용역비는 국민주택규모이하의 주택분은 부가가치세가 면제(계산서 발행)되나 국민주택규모초과분 주택과 상가분은 부가가치세가 과세(세금계산서 발행)된다.
반면, 친환경 건축물인증컨설팅용역비는 부가가치세 면세규정이 없어 전액 부가가치세가 과세(세금계산서 발생)된다.
3. 건물 및 그 부수 토지 관련 공통매입세액=건물 및 그 부수 토지 관련 공통매입세액은 건물 또는 토지에만 특정하게 영향을 미친 것이 아니라 건물 및 그 부수토지에 공통으로 영향을 미친 매입세액을 말한다.
예를 들면, 정비사업전문관리업용역비(행정용역비), 총회용역비, 조합운영비, 세무회계용역비, 회계감사비, 변호사소송비 등이 있다. 건물과 직접 관련된 공통매입세액은 건물에 대한 과세 및 면세 사용면적 비율로 1회 안분으로 종결된다.
그러나 건물 및 그 부수토지 관련 공통매입세액은 먼저 토지와 건물의 공급가액비율로 1차 안분 후 건물에 대한 과세 및 면세 사용면적비율로 2차 안분을 추가적으로 하여야 한다. 실무적으로 토지와 건물에 대한 공급가액 비율로 안분하는 제1차 안분을 하지 않고 제2차 안분만을 적용하는 경우가 많기에 주의를 요한다.
4. 정비사업전문관리업용역비(행정용역비)=정비사업전문관리업용역비(정비관리업자)는 정비사업조합이 정비관리업자로부터 제공받은 용역에 대한 대가이다.
정비관리업자는 정비사업과 관련하여 주민설명회, 정관작성컨설팅, 조합원명부작성, 주민동의서 징구, 조합설립인가 신청, 사업성검토, 정비사업의 시행계획서의 작성, 설계자 및 시공사 선정 지원, 분양 및 관리처분계획 수립에 관한 업무 대행, 설계도서의 검토 및 공사비 변동내역의 검토 등 전반적인 정비관리업무를 조합(추진위원회)을 대신하여 수행한다.
5. 지장물철거용역비=지장물철거용역은 종전 건물과 상하수도 이전 등 지장물 철거 및 이전 등과 관련된 용역비를 말한다.
지장물철거용역비 중 국민주택건설을 위한 철거용역비는 면세(계산서 발행)이나 국민주택 초과분 건설을 위한 철거용역비는 과세(세금계산서 발행)이다. 조합입장에서 지장물철거용역비가 토지관련원가에 해당되어 전액 매입세액 불공제를 받게 된다.
건설산업기본법에 의하여 등록을 한 자가 국민주택건설을 위한 철거용역을 제공하는 경우에는 「조세특례제한법」 제106조제1항제4호의 규정에 의하여 부가가치세가 면세된다.
이 경우 용역대가는 실질적 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것이므로 철거공사비 총액(지급받은 현금과 고철회수금액)이 되는 것이다. 또한, 국민주택건설업자가 국민주택을 신축하기 위하여 취득한 토지에 부착된 건물의 철거물을 공급하는 경우 부가가치세법 시행령 제3조의 규정에 의하여 면세사업에 부수되는 재화의 공급에 해당한다.