1. 일반적인 개요=정비사업조합은 조합원으로부터 토지 등을 현물출자 받아 관리처분계획에 의거해 새로운 주택 등을 관리처분방식에 의해 환지방식으로 공급하고, 건설경비를 조달할 목적으로 체비지인 일반분양분을 매각하는 수익사업을 수행한다.
새로운 주택 및 그 부속토지를 공급함에 있어 정비사업조합이 직접 건설공사를 하는 것이 아니라 건설회사에 일괄 도급하여 건물을 건설하게 한 후, 이를 분양 판매한다. 따라서 정비사업조합의 업태는 건설업이 아닌 부동산업에 해당되고 주거용 건물개발과 공급업(주택) 및 비주거용 건물개발과 공급업(상가)에 해당된다.
2. 조합원분 및 일반분양분 수입금액에 대한 부가가치세 구분=정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법에 의하여 당해 정비사업에 관한 공사를 완료한 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로써 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(당해 정비사업의 시행으로 건설된 것에 한한다. 이하에서 같다)은 부가가치세법 제6조의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 아니한다(조특법 제104조의7제3항).
주의할 사항은 조합원 분양분이라 하더라도 관리처분계획인가와 달리 조합원이 추가적으로 분양받는 주택, 상가·유치원, 추가 새시공사와 발코니 확장공사 등에 대하여는 재화의 공급으로 본다. 즉, 세무상으로 과세사업으로 보기 때문에 부가가치세와 법인세가 과세된다.
일반분양분 중에서 국민주택규모초과분 주택과 상가분양은 부가가치세가 과세된다.
이 경우 관리처분계획에 의한 조합원분양주택과 조합원 분양상가에 대하여는 재화의 공급으로 보지 않기에 세금계산서나 계산서의 교부대상이 아니다.
3. 주요 국세청 예규 등
1)국민주택초과 아파트를 최종소비자에게 분양하는 경우 세금계산서교부의무 등=사업자가 국민주택규모초과 아파트를 직접 건설하여 최종소비자에게 분양하는 경우에는 부가가치세법시행규칙 제25조의2 규정에 의한 영수증을 교부할 수 있는 것이나, 공급받는 자가 사업자등록증을 제시하고 세금계산서를 요구하는 때에는 세금계산서를 교부한다.
2)사업자가 부가가치세가 과세되는 재화를 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 공급하는 경우에는 그 대가를 받기로 한 때가 그 재화의 공급시기인 것이며, 중간지급 조건부로 재화를 공급함에 있어서 계약 당사자 간의 사전약정에 의하여 대금의 각 부분을 계약서상의 지급일 이전에 납부하는 때에는 일정금액을 차감하여 준다는 내용을 계약서상에 명시하고 지급일 이전에 납부 받음으로써 당해금액을 차감해 준 경우에는 그 차감된 금액을 과세표준으로 하여 그 대금을 지급받는 때에 세금계산서를 교부하여야 한다.
3)사업자가 국민주택규모 이하의 아파트를 신축하여 분양하면서 주택분양 계약과는 별도로 수 분양자와 발코니와 새시 설치계약을 체결하고 주택공급과 함께 발코니와 새시 설치용역을 제공하면서 그 대가를 주택분양가액에 포함하여 받지 아니한 경우에 있어서 당해 발코니와 새시의 설치용역은 주택공급과는 별개의 공급으로서 부가가치세가 과세된다.
4)재건축조합이 해당 조합원에게 관리처분계획에 의하여 분양하는 경우에는 분양주택이 당초 지분을 초과하는 경우에도 재화의 공급에 해당하지 아니하여 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이다. 재건축조합이 관리처분계획에 의하지 아니하고 당초 지분을 초과하는 주택(국민주택규모이하는 제외) 및 비주거시설을 조합원에게 분양하는 경우에는 부가가치세가 과세된다.