조합장의 임기가 언제 종료되는지에 관한 이슈는 실무적으로 자주 발생한다. 조합장의 임기만료 시점을 알아야 후임 조합장 선출을 위한 일정을 세워 조합 대표자 지위에 공백이 생기지 않도록 미리 대비할 수 있다.
조합장 지위에 도전하길 원하는 조합원들도 경선을 기대하기에 정확한 임기만료 시점에 민감하다(물론 조합은 대법원 판례가 명시적으로 허용하듯 선임이 아니라 연임의 건으로 차기 조합장을 결정할 수 있고 조합이 연임의 건으로 선택한다면 다른 조합원들의 조합장 입후보 기회 자체가 봉쇄되긴 한다).
임기가 만료된 조합장이 당연히 조합장 권한을 행사할 수 있는 것이 아니고 급박한 사정이 있어야 한다거나 예외적으로 권한 행사를 인정할 경우라도 급박한 사정을 해소에 필요하거나 통상의 업무 정도로 권한의 범위가 축소된다는 해석론을 견지하고 있는 일부 법원의 입장을 따른다면(정관 해석상 임기만료로 권한 범위가 작아진다고 볼 근거가 전혀 없으며 임기가 만료 후에도 임기 중 조합장과 같은 권한을 행사할 수 있다는 입장을 취한 법원도 있다. 임기만료 조합장의 권한에 관해 대법원의 명확한 판단이 필요한 상황이다) 조합장의 임기만료는 곧 소극적 유지 활동 정도로 조합의 활동반경이 위축될 수 있다는 뜻이기도 하니 정확한 임기만료 시점을 가리는 일은 법률적으로도 상당한 의미가 있다.
가장 빈번하게 거론되는 임기는 창립총회에서 선임된 최초 조합장이다. 통상 창립총회를 거쳐, 조합설립인가, 법인등기에 이르기까지 최소한 수개월, 길게는 1년이 넘게 걸리는 경우가 있어 최초 조합장의 임기만료 시점을 두고 갑론을박이 많았다. 조합장 선임에 관한 법률문제는 민사적 차원에서 결정되는 것이니 창립총회 의결시에 임기가 개시된다는 입장도 있었고, 조합의 사업시행자 지위 취득은 조합설립인가 덕분이니 조합설립인가시부터 조합장 임기가 개시된다는 해석론도 있었다. 하지만 창립총회나 조합설립인가만으로는 아직 조합설립이 완성되었다고 보기 어렵고, 설립등기까지 완료해야 비로소 도시정비법상 사업시행자로서 온전해진다는 점을 고려하면 최초 조합장의 임기도 설립등기시부터 시작되는 것으로 보는 것이 타당하며 법원의 확립된 입장이기도 하다.
최초 조합장 이후의 조합장 임기에 관하여는 인가청의 변경인가나 등기소의 변경등기와 관련한 질문이 잦다. 총회에서 조합장으로 선출된 이후 행정청의 변경인가나 등기소의 변경등기까지 역시 상당한 기간이 소요되기 때문이다. 변경인가나 변경등기까지 경료해야 비로소 완벽한 조합장 지위가 취득되고 그때부터 임기가 개시된다는 해석도 있었지만, 조합 임원과 조합의 법률관계를 위임 유사의 민사적 계약관계로 파악하는 한 총회에서의 선출일에 즉시 조합장 지위를 취득하고 그때부터 임기가 시작되는 것으로 보아야 한다는 것이 법원의 입장이다. 변경인가나 변경등기는 인가청이나 대외적 거래관계에서의 대항요건 정도에 불과하다는 의미이다.
보궐선임된 조합장의 임기도 자주 다투어진다. 전임 조합장의 비정상적 임기종료를 전제로 선임된 조합장이기에 전임자의 잔여임기 동안만 임기를 보장할지 아니면 새로 선임된 조합장으로 대접해 전체 임기를 보장할지가 문제의 핵심이다. 보궐선임된 조합장의 임기에 관해서는 법 이론적으로 정해진 답은 없다. 보궐 선임에 관한 정관규정이나 총회를 통해 드러난 조합원들 결의의 해석문제로 돌아가기 때문이다.
정관에서 따로 보궐선임된 임원의 임기를 정했다면 그에 따르면 될 일이고, 정관에 특별한 규정이 없다면 보궐 선임 과정에서 전임자의 잔여임기만으로 임기를 제한하였다는 사정이 있는지 살펴야 한다. 임기 제한에 관한 특별한 정황이 발견되지 않는다면 새로 선임된 조합장으로서 전체 임기를 보장하는 것이 옳다.
임기만료로 인한 선임이나 보궐 선임이나 조합원 총회를 거쳐야 한다는 점에서 선출된 조합장의 정치적 정당성 크기에 차이가 없기 때문이다.