1. 청산금의 양도소득세 대상=도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합의 조합원이 조합으로부터 지급받는 청산금은 종전토지 및 건물의 분할양도에 해당됨으로 원칙적으로 양도소득세 대상이다. 다만 그 청산금에 해당하는 종전토지 및 주택이 소득세법에서 규정하고 있는 1세대 1주택 비과세 요건에 충족한 경우에는 양도소득세가 과세되지 않는다. 고가주택의 경우에는 9억원이 초과되는 부분에 대하여는 양도소득세가 과세된다.
2.양도차익의 산식=청산금의 양도차익을 산정함에 있어서 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 종전토지 및 건물을 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 산식에 의하여 계산한다.
1항 ((양도가액 -(종전토지건물의 평가액 - 지급받은 청산금) - 필요경비) + 2항 ((종전토지및건물의 평가액 - 종전토지및건물의 취득가액 - 필요경비) * (종전토지및건물의 평가액 - 지급받은 청산금) / 종전토지및건물의 평가액))
1항의 산식은 관리처분계획의 인가일로부터 신축된 건물의 양도시까지의 양도소득에 대한 계산 산식이다. 신축 후 실제양도가액에서 신축건축물의 분양가액에 적용된 종전토지 및 건물의 평가액 그리고 신축에 따른 취·등록세와 양도에 따른 중개수수료, 법무사비용, 자본적지출을 감안한 양도차익을 계산한 것이고, 2항은 종전토지 및 건물의 평가액에서 종전부동산을 원시취득한 날의 취득가액 등과 청산금 수령에 따른 유상 양도에 해당되는 부분을 산출하기 위한 산식이다.
위 산식은 정비사업조합원의 청산금 수령에 따른 양도소득세의 계산 방법이 단순하지 않다는 것을 보여주는 것이다. 조합원의 양도소득세는 3단계로 계산된 것을 합산하는 방법이다. 1단계는 조합원은 최초 부동산을 취득한 날로부터 조합의 관리처분계획의 인가일까지 양도소득을 계산한다. 2단계는 관리처분인가일로부터 준공일까지 입주권의 양도소득 계산이다. 3단계는 준공일로부터 실제 양도일까지의 양도소득 계산이다. 1단계와 3단계에서는 양도차익이 발생되면 장기보유특별공제를 계산하지만, 2단계에 해당되는 입주권은 부동산을 취득할 수 있는 권리로서 장기보유특별공제에서 제외된다. 이와 같이 3단계로 계산한 각 단계별 양도차손을 합산하여 조합원의 양도소득세가 계산된다.
정비사업조합원의 양도세 계산에서 제일 중요한 부분은 조합원의 취득가액이 종전토지 및 건물의 평가액에서 납부한 청산금의 합계가 아니고, 원시취득한 부동산의 가격이 양도소득세를 계산할 때의 취득가액이라는 것이다. 궁극적으로 보면 조합원의 양도소득세를 계산할 때 원시취득한 매매가격이 양도가액에서 차감되는 것이지, 종전토지 와 건물의 평가액이 양도가액에서 차감되는 항목이 아니다. 종전토지 및 건물의 평가액은 조합원 양도소득세의 계산을 위한 매개체에 불과하다.
3. 사례=계산의 단순화를 위해 1세대 1주택 비과세가 되는 조합원이 아니고, 장기보유특별공제, 필요경비는 무시한다. 실제 양도가액 10억원, 관리처분계획인가서 상에 종전토지 및 건물의 평가액 8억, 지급받은 청산금 2억원, 조합원분양가액 6억원(종전토지 및 건물의 평가액 8억원 - 지급받은 청산금 2억원), 최초 부동산 취득가액 4억원으로 가정하고 지급받은 청산금과 관련된 양도소득세를 계산하여 보자.
(( 10억원 - ( 8억원 - 2억원 )) + (( 8억원 - 4억원 ) * ( 8억원 - 2억원 ) / 8억원 ))
= 4억원 + ( 4억원 * 6억원 ) / 8억원 ) = 4억원 + 3억원 = 7억원
상식적으로 생각해보면, 양도가액 10억원 + 지급받은 청산금 2억원 - 최초 취득가액 4억원
= 양도이익 8억원이 됨을 감안하면 국세청의 조합원의 양도소득세 계산 산출 방법은 합리적이라 하겠다.