1. 시장정비사업조합의 부가가치세 개요=시장정비사업과 관련하여 전통시장법에서 정하지 아니한 사항은 도시 및 주거환경정비법 중 재개발경정비사업에 관한 규정을 준용한다(전통시장법 제4조).
시장정비사업조합의 부가가치세 또한 재개발정비사업조합의 규정(환지관련)을 준용하기에 부가가치세 규정도 논리상 재개발정비사업규정을 준용할 수 있을 것으로 판단된다.
2. 조합원분양분의 부가가치세 면세=조특법 제104조의7제3항 규정을 보면 “정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법에 따라 해당 정비사업에 관한 공사를 마친 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(해당 정비사업의 시행으로 건설된 것만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)은 부가가치세법 제9조 및 제10조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다”라고 명시하고 있다.
따라서 도시정비법 상 재개발정비사업 규정이 준용되고 있는 시장정비사업조합이 “관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물”에 대하여는 재화의 공급으로 보지 않는다. 조합원이 조합에 불입한 청산금도 재화의 공급으로 보지 않는다.
3. 시장재건축정비사업조합의 부가가치세 과세 여부(부가-2163, 2008.07.22.)
1)구 중소기업의 구조개선과 재래시장 활성화를 위한 특별조치법(법률 제6887호, 2005.03.01.폐지)에 따라 시장재건축사업을 추진 중인 시장재건축조합이 재래시장 및 상점가 육성을 위한 특별법(2004.04.28. 법률 제7945호) 부칙에 의하여 도시 및 주거환경정비법 제48조에 의한 관리처분계획인가를 받을 필요가 없는 경우로서 당해 시장재건축조합이 조합원 총회의 의결로 확정한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(당해 재건축사업의 시행으로 건설된 것에 한함)의 경우 부가가치세법 제6조의 규정에 의한 재화의 공급에 해당하지 아니하는 것임.
2) (서면3팀-399, 2005.03.28.)도시 및 주거환경정비법 제18조의 규정에 의하여 설립된 조합(정비사업조합)이 도시 및 주거환경정비법에 의하여 당해 정비사업에 관한 공사를 완료 후 그 관리처분계획에 의하여 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(당초 지분을 초과하는 경우 포함, 당해 정비사업의 시행으로 건설된 것에 한함)은 조세특례제한법 제104조의7(2003.12.30. 신설)제3항의 규정에 의하여 부가가치세법 제6조 규정의 “재화의 공급”에 해당하지 아니하는 것임.
3) 재건축사업에 따른 종전의 연립주택 및 상가의 철거비용에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조제2항제4호 및 같은 법 시행령 제60조제6항의 규정에 의한 토지 관련 매입세액에 해당하는 것임.
4. 일반분양분의 부가가치세 과세=관리처분계획에 의하지 않은 조합원공급분, 일반인 공급분에 대하여는 재화의 공급으로 본다.
따라서 재화의 공급으로 보지 않는 토지와 건물 중 국민주택규모이하의 주택건물과 토지의 경우 부가가치세가 면세되나 국민주택규모초과의 주택, 상가, 기타 업무용 시설 등은 부가가치세가 과세된다.