1. 시장정비사업조합의 법인격=시장정비사업과 관련하여 전통시장법에서 정하지 아니한 사항은 도시 및 주거환경정비법 중 재개발사업에 관한 규정을 준용한다(전통시장법 제4조). 따라서 시장정비사업조합설립추진위원회(이하 시장추진위)의 경우 구청장 등의 승인을 받아야 한다.
시장정비사업조합의 경우에도 구청장등의 조합설립인가를 득하여 법인설립등기를 하여야 한다. 이는 도시정비법상 재개발정비사업과 동일하게 판단할 수 있다. 따라서 시장추진위는 국세기본법상 당연의제법인으로 법인으로 보는 법인 아닌 단체에 해당된다.
법인으로 보는 법인 아닌 단체는 비영리법인에 해당되어 고유번호증을 교부받을 수 있으며, 수익사업개시신고를 통해 겸업사업자로서 일반사업자등록증을 교부받아 과세사업관련 부가가치세를 환급받을 수 있다.
시장정비사업조합의 설립인가를 득하여 시장정비사업조합에 대한 법인등기를 하게 되면 법인격을 공식적으로 취득한다. 그러나 이는 조직변경에 해당되어 시장추진위를 시장정비사업조합으로 상호변경, 대표자변경, 주소변경 등 사업자 정정신고를 하면 된다.
시장정비사업조합은 비영리법인으로 보는 것이 논리적이다. 조세특례제한법 제104조의7제2항의 내용을 보면 “도시정비법 제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 “정비사업조합”이라 한다)에 대해서는 법인세법 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 법인세법(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 ‘신고한 경우만 해당한다’”라고 명시하고 있다. 시장정비사업조합은 도시정비법상 재개발정비사업조합규정의 많은 부분을 준용하고 있다. 특히 도시개발법상 환지규정을 준용하고 보류지(체비지)에 대하여도 도시개발법을 준용하고 있다.
2. 시장정비사업조합의 수익사업=시장정비사업조합은 조합원(토지등소유자)으로부터 종전부동산을 현물출자받아 조합원에게 상가 또는 주택 등으로 (입체)환지하고 나머지는 체비지로서 일반인에게 분양을 한다.
체비지는 토지와 건물로서 조합의 수익사업에 해당된다. 물론 조합원으로부터 추가로 불입 받은 청산금에 대하여는 재개발·재건축조합과 동일하게 수익사업의 익금으로 볼 지 여부에 대한 논쟁은 동일하게 발생한다(최근 대법원 판례, 대법2018두54040, 2018.12.06.)상 익금이 아닌 출자금으로 봄).
위 해석의 법적 근거는 조특법 제104조의7 제2항 및 조특령 제104조의4 규정이다. 조특령 제104조의4 내용을 보면 “정비사업조합이 도시정비법에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다”라고 명시하고 있다. 시장정비사업은 도시정비법상 재개발(구 도시환경정비사업)규정을 준용하고 있고 법적 성격, 사업진행 방식 등을 고려하여 관리처분계획에 의한 조합원분양분은 비수익사업으로 보고, 일반인에게 분양분은 수익사업으로 보는 것이 타당하다.
3. 시장정비사업조합의 익금과 손금=시장정비사업은 도시정비법상 재개발정비사업을 준용하기에 세법에서도 익금과 손금에 대한 규정은 도시정비법상 정비사업조합의 익금과 손금 규정을 그대로 따르면 된다. 즉 “관리처분계획에 따라 조합원에게 종전 토지(건물포함)를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물” 관련 수익 및 비용은 각각 익금불산입, 손금불산입 대상에 해당하며 그 이외의 일반분양관련 수익 및 비용은 각각 익금 및 손금에 해당된다.
4. 손익의 귀속시기 등=시장정비사업은 도시정비법상 재개발경정비사업을 준용하기에 세법에서도 도시정비법상 정비사업규정에 따른 손익의 귀속시기, 세율, 과세표준등의 신고, 중간예납, 원천징수, 가산세 등 규정을 그대로 따르면 무난할 것으로 판단된다.