재개발정비사업의 근거법령인 도시 및 주거환경정비법은 크게 주택 또는 상가(부대복리시설)를 소유한 토지등소유자로 분류하고 있을 뿐 종교시설에 대하여 특별규정을 두고 있지는 않으며 하위 법령인 대통령령, 부령에도 종교시설에 관한 특별규정은 존재하지 않는다.
따라서 종교시설의 소유자 역시 주택 또는 부대복리시설의 소유자와 마찬가지로 소유한 토지 또는 건축물을 현물로 출자하고 신축 건축물 등을 분양받되, 현물로 출자한 가치가 더 클 경우에는 신축 건축물 등의 가치를 공제한 나머지 금액을 청산받고 부족할 경우에는 금전을 추가로 출자한다는 점에는 예외가 없다.
종교시설의 경우 정비구역 내 종교시설을 이전할 수 있도록 종교부지를 따로 마련한 경우가 적지 않은데, 이 경우에도 종교부지가 존재한다는 이유만으로 종교시설이 반드시 종교부지로 이전해야 한다고 볼 수는 없으며 종교시설 역시 다른 토지등소유자와 마찬가지로 분양 또는 청산의 선택권을 가지고 또한 종전자산가치와 종후자산가치를 평가받아 청산 또는 추가 출자하는 절차를 거치게 된다.
한편, 재개발사업구역 내 종교시설에 관하여 서울특별시는 ‘뉴타운지구등 종교시설 처리방안(이하 ‘처리방안’이라 한다)’이라는 지침을 두고 있고, 해당 처리방안에서 종교시설은 우선적으로 존치하되 이전이 불가피한 경우 존치에 준하는 이전계획을 수립하여야 하며, 불가피하게 이전해야 하는 경우 ①기존부지와 이전부지는 “대토”를 원칙으로 하고 ②현 종교시설 실제 건물 연면적에 상당하는 건축비용을 조합의 부담으로 하며 해당 건축비용에는 성물 등의 종교물품에 대한 제작 설치비도 포함시켜야 하고 ③사업기간 동안 종교활동에 지장이 없도록 임시장소를 마련하고 수반되는 이전비용 또한 조합이 부담하도록 정하고 있다.
그러나 이는 어디까지나 서울특별시의 행정지도 지침으로 권고사항에 불과하고 그 내용이 아무런 재정적 지원 근거 없이 조합에 부담을 전가하고 있는 까닭에 현실적으로 실현이 불가능하여 서울특별시 내에서 진행되는 재개발 사업에서도 의무사항으로 이행되고 있지 않은 실정이다.
인천지방법원은 종교시설이 지역의 종교적 공동체로서 일정한 공적 역할을 하는데도 관리처분계획에서 원고(교회)를 위한 종교용지 또는 종교시설을 포함하지 않고 아파트나 상가를 분양받거나 현금청산을 받도록 한 것이 헌법상 정당한 보상원칙 및 재산권, 종교의 자유를 침해한다고 주장하며 관리처분계획의 취소를 구한 사안에서 “피고(재개발조합)가 이 사건 관리처분계획을 수립함에 있어 원고에게 별도의 종교용지 및 종교시설을 배정하지 않고 원고로 하여금 아파트나 상가를 분양받거나 현금청산을 받도록 한 것이 헌법 상 정당한 보상원칙에 위반되거나 원고의 종교의 자유 또는 재산권을 침해한다거나 신의성실의 원칙 또는 금반언의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다. (중략) 도시정비법에는 종교시설의 소유자를 주택이나 상가 소유자와 달리 특별히 취급하도록 규정하고 있지 않고 종교용지 및 종교시설의 공급에 관하여도 별도로 규정하고 있지 않다. (중략) 사업시행자인 조합은 그에게 주어진 계획재량에 따라 관리처분계획을 정함에 있어 종교단체의 규모와 그가 소유한 토지면적, 해당 사업부지의 구모, 종교단체에 공급할 수 있는 종교용지의 면적 등을 고려하여 합리적으로 종교용지 공급 여부를 결정할 수 있다(인천지방법원 2017구합54115 판결)” 고 판시했다. 종교단체라는 이유만으로 종교용지 및 종교시설을 반드시 배정하여야 한다고 볼 수는 없고 주택이나 상가를 소유한 토지등소유자와 다르게 특별히 취급되어야 한다고 볼 수도 없다고 판시하였다.
대구지방법원 역시 재건축의 매도청구 사건에서 피고인 교회가 종교시설의 특수성을 감안하지 않은 것이 위법하다고 주장한 사안에서 “서울특별시가 종교시설과 관련하여 실제 건물 연면적에 상당하는 건축비용과 이전비용, 사업기간 동안의 임시 장소 등을 조합이 부담하는 등의 ‘뉴타운지구 등 종교시설 처리방안’을 정하고 있다고 하더라도 이는 개별적인 정비사업에 관한 서울특별시의 행정지도에 불과하고 그 자체로 구속력을 가지지 아니하며 종교시설의 특수성만으로 다른 현금청산대상자와 구별되는 협의의무가 발생한다고 해석할 만한 근거가 없다(대구지방법원 2018가단142152 판결)”고 판시했다.
교회가 종교시설이라는 이유로 다른 현금청산대상자와 다른 요건이 적용되지 않으며 서울시의 ‘뉴타운지구 등 종교시설 처리방안’은 서울특별시의 행정지도에 불과하여 일반적으로 구속력을 가지지 아니한다고 밝혔는 바, 사업시행에 참고할만 하다고 할 것이다.