정비구역 내 토지등소유자가 조합설립에 동의하지 아니하고 그 소유의 토지 및 건축물을 사업시행에 제공하기를 거부하는 경우 사업시행자인 조합으로서는 사업시행을 위하여 해당 토지 및 건축물의 소유권 내지는 사용권원을 획득하기 위한 수단을 강구해야 한다. 재개발사업의 경우 조합이 직접 토지보상법에 따라 해당 토지 및 건축물을 수용할 수 있지만, 재건축사업의 경우에는 특별한 경우를 제외하면 조합에게 토지등소유자에 대한 매도청구권이 주어질 뿐 토지 및 건축물에 대한 수용권한이 주어지지 않는다(도시정비법 제63조, 제64조).
이때 조합설립에 동의하지 아니하는 토지등소유자가 일반 사인이라면 그 소유의 토지 및 건축물에 대하여 매도청구의 소송을 제기하여 시가에 이를 매수할 수 있음이 분명하지만, 위 토지등소유자가 국가 또는 지방자치단체이고 그 토지 및 건축물이 국유재산 또는 공유재산에 해당하는 경우 국가 또는 지방자치단체에 대하여 위와 같은 매도청구 소송을 제기하는 것이 가능한지 여부에 관하여 실무상 혼란이 있다.
국·공유재산 중 국가 또는 지방자치단체에 의하여 공용개시된 행정재산의 경우 특별한 사유가 없으면 원칙적으로 그 처분이 제한된다(국유재산법 제27조 등). 그러나 그 용도가 폐지되어 일반재산이 된 국·공유재산의 경우에는 원칙적으로 처분이 가능하다(국유재산법 제41조 제1항 등). 정비구역 내 국·공유재산의 경우 사업시행계획인가 고시가 있으면 그 날부터 종전의 용도가 폐지되는 것으로 간주되므로(도시정비법 제98조 제5항), 관리청과 조합 사이에서 협의가 성립하는 경우 조합은 이를 수의계약으로써 협의매수할 수 있다(도시정비법 제98조 제4항).
조합과 관리청 사이에서 협의가 성사되지 아니한 경우 조합은 관리청에 대한 매도청구 소송을 고려할 수 밖에 없는데, 대법원 2018. 11. 29. 선고 2018두51904 판결은 일반재산인 불요존국유림의 토지보상법에 따른 재결의 위법성에 관한 사안에서 “불요존국유림은 국유림으로 보존하여야 할 필요가 크지 않고 국유재산법상 ‘일반재산’에 해당하므로, 산림청장은 토지보상법에 의한 공익사업 등에 사용하게 되는 경우에는 대통령령에서 정한 기준에 따라 매각·교환·대부할 수 있다(국유재산법 제7조 제1항, 국유림법 제20조 제1항 제1호, 제2항, 제21조 제1항). 국유의 일반재산을 매각·교환·대부하는 계약은 국가가 사경제 주체의 지위에서 하는 ‘사법상 계약’에 해당한다(대법원 2000. 2. 11. 선고 99다61675 판결 등 참조). 따라서 사업시행자가 불요존국유림에 관하여 산림청장에게 국유림법에 따른 매각·교환·대부계약의 체결을 신청하는 것은 토지보상법상 재결신청의 전제가 되는 ‘협의 절차’의 실질을 갖는다. 따라서 사업시행자가 위와 같은 매각·교환·대부계약 체결을 신청함 없이 곧바로 재결을 신청하였다면, 사업시행자의 재결신청은 위법하고 그에 따른 재결도 위법하다고 보아야 한다(대법원 1993. 8. 13. 선고 93누2148 판결 등 참조). 따라서 공익사업의 시행자가 불요존국유림을 그 사업에 사용할 필요가 있는 경우에는 우선 국유림법에서 정하는 요건을 갖추어 매각·교환·대부계약의 체결을 적법하게 신청하여야 하고, 그럼에도 산림청장이 위법하게 그 계약체결을 거부하는 경우에 한하여 예외적으로 토지보상법에 따른 재결신청을 할 수 있을 따름이다”라고 판시하였는바, 그 해석 상 일반재산인 국·공유재산의 경우에는 협의 등 그 수용·재결 절차의 요건만 충족하면 사유재산과 마찬가지로 처분될 수 있다는 취지로 보이고, 이는 그 실질에 있어서 수용과 같다고 볼 수 있는 매도청구의 경우(헌법재판소 2010. 12. 28.자 2008헌마571 전원재판부 결정)에도 마찬가지로 적용될 수 있는 것으로 보아야할 것이다.
따라서 조합과 관리청 사이에서 국·공유재산에 관한 협의가 성립되지 아니한 경우 조합은 관리청을 상대로 매도청구 소송을 제기할 수 있을 것이다. 다만 정비구역 내 여러 필지의 국·공유재산이 존재하고 각 관리청이 다른 경우 각 관리청 별로 각 토지등소유자가 산정되어야 하고(도시정비법 시행령 제33조 제1항 제5호), 국가 또는 지방자치단체가 정비기본계획의 수립 및 정비구역의 지정으로부터 관할관청의 구체적인 조합설립인가처분에 이르기까지의 과정에서 협의 절차 등을 통하여 정비사업 자체나 해당 정비사업조합에 의한 사업추진에 대하여 명시적으로 반대의 의사를 표시하거나 반대하였다고 볼 수 있는 행위를 하지 않았다면, 국가 또는 지방자치단체는 관할관청의 인가에 의하여 이루어지는 해당 정비사업조합의 설립에 동의한 것으로 볼 수 있으므로(대법원 2014. 4. 14. 선고 2012두1419 판결), 조합이 국가 또는 지방자치단체를 상대로 매도청구 소송을 제기하기 위하여서는 각 국·공유재산의 관리청 별로 조합설립에 동의하지 아니한다는 취지의 명시적인 회답을 득하여둘 필요가 있다.