1. 관리처분계획인가의 내용=정비사업조합(사업시행자)은 조합원 분양신청기간이 종료되면 분양신청종료 현황을 기반으로 관리처분계획(분양설계, 분양대상자의 주소및성명, 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액, 보류지 등의 명세와 추산액 및 처분방법, 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행계획인가 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격, 정비사업비의 추산액, 세입자별 손실보상을 위한 관리명세 및 그 평가액 등)을 수립하여 시장·군수 등의 인가를 받아야 한다.
2. 관리처분계획인가에 따른 양도소득세=기존에 조합원이 소유했던 부동산은 관리처분계획인가일에 부동산을 취득할 수 있는 권리(입주권)로 전환된다. 일반적인 입주권은 1세대 1주택 비과세 적용이 안 되지만 정비사업조합(재개발·재건축)이 사업에 따른 입주권은 1세대 1주택 비과세 적용을 받도록 예외적으로 인정하고 있다.
일반주택과 일정요건을 충족한 정비사업 입주권의 보유 중 일반주택을 먼저 양도하는 경우 보유하고 있는 입주권을 주택 수에 산입하여 비과세를 배제하고 있다. 즉 1세대 2주택으로 보아 과세한다. 주택 수에 포함되는 경우는 2006.1.1. 이후에 관리처분계획인가를 받았거나 승계 취득한 재개발·재건축 입주권이다.
도시 및 주거환경정비법 상의 정비사업은 도시개발법에 의한 환지방식을 준용하므로 종전주택이 입주권으로 전환되어도 종전부동산의 환지상태이다. 따라서 종전부동산의 취득 시부터 관리처분계획인가일까지의 소유기간에 한해서는 양도소득세 산출에 있어 장기보유공제를 인정한다. 관리처분계획인가일부터 준공인가일 사이인 공사기간은 장기보유공제를 인정하지 않는다.
왜냐하면 이기간은 종전부동산을 철거하고 아파트를 건축하는 공사시간이기 때문이다.
3. 관리처분계획인가에 따른 매입부가가치세의 정산=관리처분계획인가서에는 주택 및 상가 등의 면적, 예상분양가액, 조합원과 일반인의 분양정보, 사업인가계획 고시일 기준으로 감정평가한 종전부동산가액, 보류지 정보 등이 포함되어 있다. 이러한 정보를 토대로 관리처분계획인가일 이전까지 수취한 매입세금계산서에 대한 정산을 할 수 있다. 다만 일반인에 대한 분양수입엑이 관리처분계획인가서의 금액과 상이하므로 일분양양분에 대한 수입금액이 확정될 때 매입부가가치세를 정산하는 것이 실무상으로 유용하다.
관리처분계회인가일이 속하는 과세기간의 부가세 확정신고 시 최종 정산작업을 하여 신고하여야 하며 일반분양 수입액이 회정되어야 정산가능한 부분은 공급가액이 확정되는 분양완료일에 해야 된다.
4. 종전부동산출자의 회계처리=국세청 예규 또는 질의답변에서는 조합원들이 종전부동산을 출자할 때의 출자금액 산정을 조합설립인가일과 신탁등기일 중에서 빠른 날로 평가한 금액으로 해야 한다고 하고 있다. 조합설립인가일의 부동산을 평가하려면 감정평가비 수수료가 지출되므로 실무적으로는 2014.7.1.부터 시행되고 있는 서울특별시 정비사업조합 등 예산회계규정에 정하고 있는 조합원과 분양계약시 권리가액을 조합원분양선수금으로 보아 현물출자금으로 회계처리하고 있다.
즉 사업시행계획인가일 기준으로 감정평가한금액을 종전부동산 현물출자액으로 회계처리하고 비례율에 따라 권리가액이 변동되는 것을 권리가액차이로 출자금을 가감하는 방식으로 회계처리하고 있다. 최근에는 관리처분계획인가일과 신탁등기일 중에서 빠른 날을 기준으로 감정평가한 금액을 현물출자금으로 회계처리하는 경향이 있지만 이것은 국세청의 공식입장과는 배치된다.