1. 관리처분계획 이전의 단계=관리처분계획 이전의 단계에서는 분양받을 대지 또는 건축시설에 대한 공사가 완료되지 않았을 뿐만 아니라 그 분양할 대지 또는 건축시설에 대한 주택정비조합의 어떤 처분도 이루어지기 전으로서 그 분양받을 대지 또는 건축시설의 소유권 등에 관한 분쟁은 있을 수 없으므로 오로지 종전의 토지 또는 건축물에 대한 소유권 등의 존부나 그 귀속에 관한 것이 분쟁의 대상이 될 것이다. 종전의 토지나 건축물에 대한 소유권 등에 관하여 소유권확인, 말소등기, 이전등기, 무허가건물대장상의 명의변경 등을 구하는 민사소송이 제기될 수 있다.
2. 관리처분계획 이후 이전고시 이전까지=권리 내지 지위의 귀속에 관하여 개인 간에 다툼이 있는 경우에 권리자가 채택할 수 있는 가장 유효하고도 적절한 분쟁해결 수단은 아래와 같다.
①재개발조합이 아닌 분쟁의 직접 당사자를 상대로 하여 무허가건물에 대한 사실상 소유권의 확인을 구하는 방법 ②관리처분계획의 인가·고시에 의하여 무허가건물의 사실상 소유권이 이에 해당하는 아파트 등을 분양받을 조합원의 지위로 잠정적으로 바뀐 후에는 그 아파트 등을 분양받을 권리로서의 조합원지위의 확인을 구하는 방법 ③분양받을 권리나 지위에 기하여 조합원명부상의 명의변경을 구하는 방법(대법원 2003.2.14. 선고 2002다23451 판결)
3. 이전고시 이후
1) 소송형태=이전고시가 있은 후에는 종전의 무허가건물에 대한 사실상의 소유권은 소멸하고 분양받은 아파트에 대한 소유권만이 남게 되는 이전고시의 법적 성격에 비추어 권리자로서는 바로 새로운 아파트에 대한 권리관계의 확인이나 등기의 말소 또는 이전등기에 관한 소송을 제기하여야 할 것이다(대법원 2003.2.14. 선고 2002다23451 판결). 이전고시 이후 단계에서는 무허가건물의 소유권 확인, 조합원지위의 확인 또는 조합원명부의 명의변경의 소는 부적법한 것으로 될 것이다.
2) 등기명의인과 진정소유자가 다른 경우=재개발사업 시행자가 소유자를 오인하여 종전의 토지 또는 건축물의 소유자가 아닌 다른 사람에게 이전고시를 한 경우 그러한 이전고시가 있었다고 하여 그 다른 사람이 권리를 취득하게 되는 것은 아니며, 종전의 토지 또는 건축물의 진정한 소유자가 분양된 대지 또는 건축시설의 소유권을 취득하고 이를 행사할 수 있다(대법원 1995.6.30. 선고 95다10570 판결).
①분양된 대지 또는 건축시설이 조합명의로 보존등기된 후 수분양자 앞으로 소유권이전등기가 이루어진 경우 : 진정소유자는 등기명의자를 상대로 등기말소를 함과 동시에 조합을 상대로 진정한 등기명의의 회복을 원인으로 한 이전등기절차의 이행을 구함.
②수분양자 앞으로 보전등기가 이루어진 경우 : 등기명의자를 상대로 하여 진정한 등기명의의 회복을 원인으로 한 이전등기절차의 이행을 구함(진정소유자의 권리가 지분에 불과할 경우 수분양자를 상대로 하여 지분등기의 말소를 명하는 판결을 받아 말소등기에 갈음하는 경정등기를 할 수 있을 것임).
3) 종전의 토지 또는 건축물에 대하여 소유권이전등기청구구권을 가진 채 미등기 상태로 있는 경우=부동산을 매수하고도 사정에 의하여 아직 등기를 못한 경우에는 매수인은 분양받은 대지 또는 건축시설의 등기명의인을 상대로 하여 소유권이전등기절차의 이행을 구할 수 있다.