도시 및 주거환경정비법 제8조제4항(2017.2.8. 전부 개정되기 전의 것)에 따라 도시환경정비사업의 사업시행자로 지정받은 자가 같은 법 제60조에 따른 정비사업비를 부담하여 건설한 건축물을 종전 토지소유자 및 일반인에게 분양하는 경우 건축물 분양에 대한 법인세 납세의무자는 해당 사업시행자가 되는 것이며, 사업시행자가 토지등소유자에게 종전의 토지를 대신하여 관리처분계획에 의해 자기지분에 상당하는 건축물을 분양하는 사업에서 발생하는 소득은 해당 사업시행자의 과세소득에 해당하지 않는다(사전-2019-법령해석법인-0654, 2020.01.17.).

1. 사실관계=○○공사는 지방공기업법 등에 따라 ○○시의 100%출자로 설립된 지방공사이며, 현재는 도시정비법에 따라 ○○구역 도시환경정비사업을 진행하고 있다. 본 사업은 2004년도에 최초 정비구역이 지정·고시된 후 ○○구청이 직접사업을 시행하였으나, 토지등소유자의 신탁계약 저조 등 제반사정으로 종전시행자이며 지정권자인 ○○구청이 2007년도에 공사를 새로운 사업시행자(공공시행자)로 지정했다.

공사는 도시정비법에 따라 사업지 내의 토지등소유자의 토지 등을 제공받아 관리처분방식에 따라 업무시설, 숙박시설 및 판매시설을 신축한 후 일부는 토지등소유자에게 종전자산을 대신하여 분양하고 나머지는 제3자에게 일반분양할 예정이다.

본 사업의 시행자는 공사이나 도시정비법 제8조에 따른 공공시행자 방식의 사업으로 주민대표회의와 협의를 통해 사업추진하고 있다. 토지등소유자는 토지 등을 제공하고 사업시행자인 공사는 사업비를 부담한 후 토지등소유자의 추가부담금, 일반분양금 등의 수입금액으로 해당 사업비를 충당하는 방식이다.

공사는 사업시행대가로 공사비의 일정비율을 사업시행수수료로 수취하고, 사업종료 시 수입금액으로 사업비를 정산한 후 잔여금은 토지등소유자에게 지급예정이고 부족액은 토지등소유자가 부담할 예정이다.

공사는 실질적인 권한과 책임이 토지등소유자에게 있으므로 조합의 수입과 지출에 대해서 공사회계로 계상하지 않고 수수료수익만을 회계적으로 인식한다.

공사는 부가가치세와 관련하여 납세의무자는 사업시행자가 되어야 한다는 국세청 해석례(부가가치세과-508, 2009.4.10. 등)에 따라 사업비 집행 시 세금계산서는 공사명의로 수취(공사 채권)하고 있으며 추후 일반분양분에 따른 세금계산서도 공사 명의로 발행(공사의 부채)할 예정이다.

2. 질의사항

1)본 도시환경정비사업에서 발생한 소득이 시행자인 공사의 법인세 신고납부 대상인지 또는 토지등소유자의 소득세 신고납부대상인지 여부

2)관리처분계획에 따른 토지등소유자 분양분(자기지분 범위 내)이 질의1 소득 귀속주체의 과세대상에 해당하는지 여부

3. 관련 법령

1) 국세기본법 제14조(실질과세) 제2항=세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나, 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

2) 조세특례제한법 제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) 제3항=정비사업조합이 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물은 부가가치세법에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다.

3) 조세특례제한법시행령 제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위)=정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지및건축물을 공급하는 사업은 법인세법에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

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