1. 전주지방법원-2018-구합-2053, 2019.8.14.=쟁점 토지의 분양관련 손익의 귀속시기는 사용승낙일이 속한 사업연도로 봄이 상당하고, 쟁점정산금은 2011-2013 사업연도의 손금에 산입할 정도로 성숙·확정되었다고 볼 수 없으며 일반적으로 공정타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준에 따라 손익의 귀속을 정할 수 있는 경우라고 볼 수도 없다.
2. 관할 세무서장의 처분경위=○○지방공기업(공사라 함)은 공사설치조례에 의하여 설립된 토지개발사업 등을 영위하는 법인이다. 공사는 ○○주택공사와 ○○혁신도시개발사업(개발사업이라 함)을 공동시행하되, 각 시행자가 담당구역 내의 모든 사업비용을 독립적으로 조달집행하고 이 사건 개발사업에 따른 공동시행자간 손익정산의 방법으로 각자의 손익비율이 동일하도록 사업비 정산금을 지급하는 특약을 포함하는 내용의 공동시행협약을 체결하였다.
공사는 2011, 2012 사업연도는 공사진행률에 따라 손익을 인식하다가 2013 사업연도 중 이 사건 쟁점토지의 실제 사용승낙이 있는 것으로 보고 나머지 손익을 익금 및 손금에 산입하면서 이 사건 특약에 관련한 사업비 정산금 추정액(쟁점 정산금 추정액)을 손금에 포함하여 법인세를 신고납부하였다.
관할세무서는 쟁점 정산금 추정액의 경우 2013 사업연도까지는 미확정 부채성충당금이라는 이유로 손금불산입(비용인정을 부인)하여야 한다고 보고 당초 신고한 법인세를 경정 고지하였다. 공사는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구 제기했으나 기각되었다.
3. 구 법인세법시행령 제68조 제1항 제3호의 사용수익일에 대한 판단=법인세법은 손익이 권리의무의 확정시에 실현되는 것으로 보고 권리의무확정주의를 채택하여 손익의 귀속시기를 명확하게 규정하고 있다. 이는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적안정성을 도모하고 과세의 공평을 꾀함과 동시에 납세자의 자의를 배제하기 위한 것이다.
자산양도의 익금 및 손금의 귀속 사업연도는 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해자산을 인도하거나 상대방이 당해자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.
공사는 2011연도 8월, 11월에 ○○연수원과 ○○건설에게, 2012연도 11월에 ○○청에 각각 이 사건 쟁점토지에 관한 토지사용승인을 하고 토지승낙서를 발급했다. ○○연수원은 2011연도 10월에 ○○군수로부터, ○○건설은 2011연도 11월에 ○○시장으로부터, ○○청은 2012연도 7월에 ○○군수로부터 착공신고필증을 교부 받았다. ○○건설 등은 토지사용승낙을 받은 이후 쟁점토지를 사용승낙의 목적대로 사용하여 공사를 착공·진행했다. 이런 정황 등에 비추어 공사가 ○○건설 등에게 사용승낙을 한 2011 또는 2012 사업연도가 손익의 귀속연도라 봄이 상당하다.
4. 쟁점 정산금의 손금 귀속시기에 대한 판단=이 사건 특약에 따르면 공사와 ○○주택공사의 가가각의 총수입과 총비용을 산정할 수 있을 때 그 손익률을 계산할 수 있어 쟁점 정산금 액수와 부담주체를 비로소 확정할 수 있다. 그 손익정산시기는 이 사건 사업준공인가일로부터 6개월 이내로 정하고 있다. 그런데 2011 내지 2013 사업연도에는 준공 전이고 총수입도 불분명했다. 따라서 공동시행자 간에 정산금 채무의 부담주체와 가액이 불명확하여 손금이 발생할지 여부가 손금에 산입할 정도로 성숙·확정되었다고 볼 수 없다.
재료비나 원가 등과 같이 특정수익과 직접대응시킬 수 있는 비용의 경우에는 그 수익이 귀속되는 사업연도의 손금에 산입할 수 있지만, 그 밖의 비용은 권리의무확정주의에 따라 비용의 이행의무가 확정된 날을 기준으로 손금에 귀속해야 한다.
단지 쟁점 정산금의 손금 산입시기를 2011 내지 2013 사업연도로 하지 않을 경우 공사가 법인세를 과다하게 납부하는 결과가 발생한다는 사정만으로 쟁점 정산금 추정액을 손금산입할 수 없다.