1. 분양청구권=분양청구권은 조합원의 가장 본질적인 권리라고 할 수 있다. 조합원은 기존의 주택과 토지를 신탁목적으로 조합에 이전할 의무 등을 부담하고, 이에 대응하는 새로운 주택을 분양받을 권리를 가진다. 조합원의 가장 본질적인 권리인 분양청구권을 과도하게 제한하거나 박탈하는 총회의 결의 또는 대의원회의 결의는 무효가 된다.
조합의 위법한 동·호수 배정에 관한 조합원(갑)의 재산상 손해는 조합원(갑)의 위 손해발생시를 기준으로 신축아파트 중 조합원(갑)이 배정받을 수 있었던 110세대 아파트의 각 시가와 각 분양가를 고려하여 산정한 평균 기대 수익에서 조합원(갑)이 취득한 아파트의 시가와 그 분양가를 고려하여 산정한 실제 수익을 뺀 차액이라고 판시한 사례가 있다.
도시정비법 제정 이전 소득세법 시행령 제155조제16항은 재건축·재개발시 부동산을 취득할 수 있는 권리(입주권)의 취득시기를 재건축사업의 경우 사업시행인가일, 재개발사업의 경우 관리처분계획인가일로 보았었다. 하지만 도시정비법에서 재개발·재건축 사업의 절차가 통합·규정됨에 따라 2005.5.31. 소득세법 시행령 제155조제16항을 개정해 취득시기를 관리처분계획인가일로 통일하였다.
정부는 2005.12.31. 조합원입주권을 매개로 한 부동산 투기를 억제하는 한편 실수요 목적으로 입주권을 취득한 1세대 1주택 소유자의 주거생활 안정에 기여하기 위하여 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택의 요건에 해당하더라도 주택양도 당시 재건축·재개발사업의 조합원입주권을 소유하고 있는 경우에는 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정의 적용을 배제토록 하였다.
소득세법 제89조제2항은 조합원 입주권이 주택수에 포함되는 근거규정을 두고, 소득세법 시행령 제156조의2는 주택과 조합원입주권을 보유한 1세대가 주택을 양도할 때 양도소득세가 비과세되는 경우를 구체적으로 명시하였다.
2. 총회의 의결권 등=모든 조합원은 조합원의 고유권으로서 총회의 출석권, 발언권 및 의결권을 가지며 총회의 결의로도 의결권을 완전히 박탈하거나 제한하지 못한다. 의결권이란 총회에 출석하여 총회의 결의에 참가하는 권리를 말하며, 조합원은 조합의 구성원으로서 의결권 행사를 통하여 조합의 의사결정에 참가한다. 이 의결권은 조합원의 개인적인 이익만이 아니라 조합 전체의 이익을 위하여 조합원에게 주어지는 것으로서 절대적으로 보장되는 권리이다.
조합원은 총회에 출석하여 발언권을 자유로이 행사할 수 있다. 다만 의장은 모든 조합원에게 고르게 발언할 기회를 주기 위하여 조합원에 대한 발언권을 제한할 수 있다. 또한 의안과 관련성이 없거나 타인의 명예를 손상시키는 등의 경우에는 조합원의 발언권은 제한될 수 있다.
그러나 의사진행의 일반원칙이 사회통념상 용인될 수 없는 상태로 조합원의 출석권, 발언권, 의결권이 부당히 제한되면서 총회가 운영될 경우 그 총회결의는 무효를 면치 못할 것이다.