지방공기업법 제76조 및 ○○시설공단설치조례에 의거해 ○○광역시장이 전액 출자하여 설립된 ○○시설공단이 공영주차장을 관리 운영함에 따라 발생하는 수입을 전액 ○○광역시 교통사업특별회계로 입금하고, 공단은 해당 사업과 관련된 비용을 00광역시 교통사업특별회계에서 지급받는 경우 해당사업은 법인세법 제3조 제3항 제1호에 따른 수익사업에 해당하지 않는다.

그 사업에 처분일 현재 3년 이상 계속하여 직접 사용한 고정자산을 처분함으로 인하여 발생하는 수입은 같은 법 제3조제3항제5호 및 같은 법 시행령 제2조제2항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것이다(사전답변, 법인법규 2010-0086, 2010.04.09.).

1. 사실관계 및 질의사항=○○시설공단은 전액 ○○광역시에서 출자한 지방공기업으로서 지방공기업법 제76조 및 ○○시설공단설치조례에 따라 설립되었다. ○○광역시로부터 공영주차장 및 다양한 사업을 위탁받아 대행하고 있다.

공단의 정관에는 주차장설치 및 관리운영사업, 견인차량 보관 대행사업, 공원 및 유원지 관리운영사업, 국가와 지방자치단체 및 그 밖의 공공단체가 위탁하는 사업, 시의회 의결을 거쳐 시장이 정하는 시설물 등의 관리사업, 상기 사업에 해당되는 청소 및 부대사업이 포함되어 있다.

정관에 따라 △△역 노외 공영주차장 운영은 ○○광역시의 대행사업으로 수입금액은 전액 ○○광역시 교통사업특별회계로 납입되고, 대행사업과 관련된 경비(인건비, 경상비 등)를 ○○광역시 교통사업특별회계로부터 배정받아 사용하고 있다.

공단은 (구)병무청 부지를 공단채권 136억원을 발행하여 조달한 재원으로 2006연도 소유권 취득하고 같은 연도에 공영주차장을 개장했다. 해당 공단채권은 3년 거치 5년 분할상환 조건이며 ○○광역시로부터 예산을 배정받아 상환하고 있다.

쟁점 주차장은 공단의 비수익사업부분인 대행사업의 재무제표에 계상되어 있고, ○○광역시의 요청에 따라 소유권 이전 매매계약을 체결할 예정이다.

○○시설공단이 소유하는 지방자치단체의 공영주차장 대행사업에 사용하던 주차장 부지를 해당 지방자치단체인 ○○광역시에 매각함에 있어서 해당 양도차익에 대한 법인세 과세소득에 포함되는지요?

2. 관련 법인세법

1) 법인세법 제3조(과세소득의 범위)

(제3항) 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 수익사업이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

(제5호) 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 소득

2) 법인세법 시행령 제2조(수익사업의 범위)

(제2항) 법 제3조 제3항 제5호에서 대통령령이 정하는 것이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지, 관리 등을 위한 관람료, 입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

3. 관련 유사사례=지방공기업법 제76조 및 지방자치단체 조례에 의거 ○○시가 단독으로 출자하여 설립된 ○○시설관리공단은 법인세법 제1조제2호에 의한 비영리내국법인에 해당된다(법인세과-1070, 2009.9.30.). 지방공기업법에 의거 설립된 시설관리공단이 시설물사용료수입 전액을 서울시에 전액 귀속시키고, 공단은 대행사업비를 서울시로부터 지급받는 경우 당해 대행사업비는 수익사업에서 생기는 소득에 해당되지 않는다(법규과-3302, 2006.8.11.).

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