1. 조합의 용역계약=주택재개발정비사업조합이 각 용역계약에 따라 제공된 인허가 및 조합의 제반업무, 조합설립 동의서징구, 총회대행 등은 전반적인 행정업무와 관련된 것으로 토지 조성 등 토지의 형상에 관한 물리적 변경을 그 내용으로 한 것이 아니므로 정비구역 내에 있는 토지의 가치가 현실적으로 증가하였다고 볼 수 없다(서울행정법원 2014구합52190, 조심2013서2693, 부가가치세법 제12조).
2. 판단=매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액으로 이는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이다. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 등이 있다.
토지관련 매입세액이라 하더라도 자본적 지출이 아닌 수익적 지출의 성격을 가지는 경우에는 매입세액에서 공제된다. 통상 자본적 지출이라 함은 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 지출을 의미하는데, 토지의 특성상 내용연수를 연장시키는 자본적 지출은 상정하기 어려우므로, 결국 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다고 보아야 한다.
도시 및 주거환경정비법 제1조는 “도시기능의 회복이 필요하거나 주거환경이 불량한 지역을 계획적으로 정비하고 노후 불량건축물을 효율적으로 개량하기 위하여 필요한 사항을 규정함으로써 도시환경을 개선하고 주거생활의 질을 높이는데 이바지함을 목적으로 한다”고 규정하고, 제2조에서는 도시환경정비사업을 상업, 공업지역 등으로서 토지의 효율적 이용과 도심 또는 부도심 등 도시기능의 회복이나 상권 활성화 등에 필요한 지역에서 도시환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업으로 규정하고 있다.
도시환경사업의 주된 목적은 도시환경개선에 있는 것이지 정비구역 내에 있는 토지의 개발에 있다고 볼 수 없고, 정비구역의 지정 자체가 정비구역 내에 있는 토지의 가치를 현실적으로 증가시킨다고 볼 수 없다.
이 사건 각 용역계약에 따라 제공된 용역은 인허가 및 조합의 제반업무, 조합설립동의서 징구, 총회대행 등 전반적인 행정업무와 관련된 것이지 토지 조성 등 토지의 형상에 관한 물리적 변경을 그 내용으로 한 것이 아니다. 따라서 이 사건 각 용역계약에 따른 용역의 제공만으로 정비구역 내에 있는 토지의 가치가 현실적으로 증가하였다고 볼 수 없고, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 있었다고 할 수 없다.
이 사건 사업은 도시환경정비사업으로서 공급하는 재화에 토지, 주택, 상가, 조합원분양분, 일반분양분 등이 포함되어 있다. 부가가치세가 과세되지 않거나 면세되는 사업 그리고 부가가치세가 과세되는 사업을 겸업하는 사업이다. 각 용역계약에 따른 매입세액은 토지 그 자체의 공급에 관련된 것이 아니라 이 사건 전반에 관련된 매입세액에 해당되므로, 과세사업과 면세사업 등에 공통되는 매입세액으로서 부가가치세법 시행령 제61조에 따라 안분계산 되어야 한다.
3. 결론=주택재개발정비사업조합이 조합설립 동의서 징구, 정비사업전문관리업 용역, 인허가 등 제반업무를 위탁한 경우 그 용역비는 토지조성을 위한 자본적 지출에 해당되지 않는다. 이런 용역은 건축물 착공하기 이전의 단계에서 필요로 하는 토지조성을 위한 자본적 지출로 보아 매입세액을 불공제하여 환급을 거부하는 것은 위법이다. 즉, 공통매입세액 안분계산 대상이다.