관리처분인가에 따라 취득한 조합원입주권 2개를 같은 날 1인에게 모두 양도한 경우 1세대 1주택 적용 여부(1주택-2입주권)

1. 사실관계=거주자 갑은 2004.4.1. 서울에 소재하고 있는 ‘가’ 아파트를 900백만원에 취득하여 현재까지 거주하고 있다. ‘가’ 아파트는 2021년 중 재건축될 예정이며 권리가격은 1,800백만원이다. 갑은 1+1을 활용하여 관리처분계획인가에 따라 2주택(나. 다)을 취득할 수 있는 입주자로 선정된 지위를 부여받았다. 2개의 입주권의 취득에 따른 청산금의 납입이나 수령은 없다. 조합원 입주권 2개를 1인에게 동시에 2,100백만원에 양도하려 한다.

2. 질의 내용=갑이 관리처분계획인가에 따라 취득한 조합원입주권 2개(나. 다)를 같은 날 1인에게 모두 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있는가? 조합원입주권 2개를 1인에게 모두 양도하는 경우 장기보유특별공제 적용을 받을 수 있는가?

3. 답변 및 사례분석=1세대가 보유한 1주택(주택부수 토지 포함)이 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업지역에 포함되어 조합원입주권(관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위) 2개로 전환되어 같은 날 1인에게 모두 양도하는 경우에는 해당 거주자가 선택하여 먼저 양도하는 조합원입주권 1개는 양도소득세가 과세되는 것이며 나중에 양도하는 조합원입주권 1개는 1세대 1주택 비과세 특례가 적용된다.

위 사례의 갑은 조합원입주권 ‘나’ 또는 ‘다’ 중에서 갑이 선택한 조합원입주권 1개는 비과세 되지만 다른 조합원입주권 하나는 양도소득세가 과세된다. 따라서 갑은 양도소득세가 적게 나오는 조합원입주권을 먼저 양도한 것으로 하고 양도소득세가 많아 발생되는 조합원입주권은 나중에 양도한 것으로 세무서에 신고하면 된다.

예를 들면 ‘나’ 입주권은 양도가액이 1,400백만원(총 양도가액의 2/3)이고, ‘다’ 입주권의 입주권은 700백만원(총 양도가액의 1/3)으로 총 양도가액 2,100백만원(100%)에 조합원입주권을 양도하려 한다. 최초 취득가액이 900백만원(100%)이므로 나입주권에 대응되는 취득가액은 600백만원(취득가액의 2/3)이고 다입주권에 대응되는 취득가액은(취득가액의 1/3) 300백만원이다.

‘나’ 입주권의 양도차익은 800백만원(양도가액 1,400백만원-취득가액 600백만원)이고, ‘다’ 입주권의 양도차익은 400백만원(양도가액 700백만원-취득가액 300백만원)이다. 이 경우를 보면 양도차익은 ‘나’ 입주권이 많다. 양도차익이 많다는 것은 양도소득세도 많이 납부해야 된다는 것이므로 갑은 ‘다’ 조합원입주권을 먼저 양도한 것으로 선택하고, ‘나’ 조합원입주권을 나중에 양도한 것으로 선택하여 양도소득세를 신고 해야 절세가 된다. 먼저 양도하는 입주권은 과세가 되고 나중에 양도하는 입주권은 1세대 1주택에 해당 되어 양도소득세가 비과세되기 때문이다.

장기보유특별공제액은 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간에 각각 해당하는 공제율을 곱하여 계산한 금액을 적용한다. 관리처분계획인가일 이후는 부동산을 취득할 수 있는 입주권으로 전환되므로 장기보유특별공제 대상이 되지 않는다. 장기보유특별공제는 부동산 자체 실물에만 적용이 되고 부동산을 취득할 수 있는 입주권에는 적용되지 않기 때문이다.

다만 관리처분계획의인가일 이후에도 기존주택에서 실제 거주했다는 것이 입증된다면 그 거주일까지 장기보유특별공제를 받을 수 있다. 반대로 관리처분계획인가일 이전에 기존주택이 멸실된 것이 확인된다면 기존주택 철거일까지만 장기보유특별공제가 적용된다.

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