토지등소유자는 시장·군수(인가권자)를 상대로 행정법원에 항고소송인 조합설립인가처분에 대한 취소 또는 무효확인을 구하여야 한다(대법원 2010.8.26. 선고 2010두2579 판결).
토지등소유자는 시장·군수의 조합설립인가처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 조합설립인가취소소송을 제기하여야 한다. 토지등소유자는 시장·군수의 조합설립인가처분이 있은 날부터 1년이 경과하면 조합설립인가취소소송을 제기하지 못한다. 다만 정당한 사유가 있는 때에는 그러하지 아니하다(행정소송법 제20조제1항, 제2항).
항고소송에서 행정처분의 적법 여부는 특별한 사정이 없는 한 행정처분 당시를 기준으로 하여 판단해야 한다. 여기서 행정처분의 위법 여부를 판단하는 기준 시점에 관하여 판결 시가 아니라 처분 시라고 하는 의미는 행정처분의 위법 여부를 판단할 때 처분 후 법령의 개폐나 사실상태의 변동에 영향을 받지 않는다는 뜻이다(대법원 2008.3.13. 선고 2006두2954 판결). 처분 당시 존재하였던 자료나 행정청에 제출되었던 자료만으로 위법 여부를 판단한다는 의미는 아니다.
따라서 처분 당시의 사실상태 등에 관한 증명은 사실심 변론종결 당시까지 할 수 있고, 법원은 행정처분 당시 행정청이 알고 있었던 자료뿐만 아니라 사실심 변론종결 당시까지 제출된 모든 자료를 종합하여 처분 당시 존재하였던 객관적 사실을 확정하고 그 사실에 기초하여 처분의 위법 여부를 판단할 수 있다(대법원 2014.10.30. 선고 2012두25125 판결).
시장·군수의 조합설립인가처분 당시 토지등소유자 정수 산정이나 동의자수 계산에 일부 오류가 있다 하더라도 실제로 조합설립인가신청이 도시정비법상 동의율을 충족한다면 시장·군수의 조합설립인가처분은 결과적으로 적법한 것이 된다.
법원은 우선 조합설립인가처분에 원고가 주장하는 구체적인 하자 사유들이 존재하는지 여부를 판단한 후 조합설립인가처분에 관하여 적용되어야 할 적법한 기준에 비추어 조합설립인가신청이 도시정비법상 동의율을 충족한 것인지를 다시 판단하게 된다(서울고등법원 2008.1.8. 선고 2007누15904 판결).
조합설립인가를 위한 동의 정족수는 조합설립인가 처분시점이 아니라 조합설립인가신청 시점을 기준으로 판단하여야 한다. 따라서 조합설립인가신청 이후 토지등소유자가 된 자 또는 추가로 동의한 자는 정족수에 포함시켜서는 안 된다(대법원 2014.4.24. 선고 2012두21437 판결).
흠이 있는 행정행위의 치유는 행정행위의 성질이나 법치주의 관점에서 볼 때 원칙적으로 허용될 수 없고, 예외적으로 행정행위의 무용한 반복을 피하고 당사자의 법적 안정성을 위한 경우에 한하여 허용된다. 흠이 있는 행정행위의 치유를 허용하는 때에도 국민의 권리나 이익을 침해하지 않는 범위에서 구체적 사정에 따라 합목적적으로 인정하여야 할 것이다(대법원 2002.7.9. 선고 2001두10684 판결), 법원의 실무상 조합설립인가처분의 하자 치유를 거의 인정하지 않고 있다.
행정소송법 제28조 제1항에 의하면 원고의 청구가 이유있다고 인정하는 경우에도 처분등을 취소하는 것이 현저히 공공복리에 적합하지 아니하다고 인정하는 때에는 법원은 원고의 청구를 기각할 수 있다. 이를 사정판결이라 한다. 법원의 실무상 조합설립인가 처분에 있어 사정판결의 필요성을 거의 인정하고 있지 않다(대법원 2010.8.26. 선고 2010두2579 판결).