1. 정비구역 지정 시 양도소득세
1세대 2주택자에서 제외되는 소형주택이라 하더라도 정비구역 내에 있는 주택을 처분하는 경우 다주택 중과세가 적용된다. 또한 정비구역지정은 건축제한 등 법령제한이 있기에 지정시점부터 법령제한의 기산일로 보아 비사업용토지 판단시 유리하게 적용될 수 있다. 관련 법 내용을 살펴보면 다음과 같다.
가. 1세대 2주택·조합원입주권에서 제외되는 소형주택의 범위에서 배제=주택의 양도 당시 법 제99조에 따른 기준시가가 1억원 이하인 주택. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비구역(종전의 주택건설촉진법에 따라 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정·고시된 지역 또는 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 사업시행구역에 소재하는 주택(주택환경개선사업의 경우 해당 사업시행자에게 양도하는 주택은 제외한다)은 제외한다(소득령 제167조의10①9호).
나. 비사업용토지에서 법령제한의 기산일=소득세법 제104조 제1항 제2호의7에서 규정하는 ‘비사업용 토지’라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 같은 법 시행령 제168조의6에서 정하는 기간 동안 같은 법 제104조의3제1항 각호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말하는 것이다. 토지를 취득한 후 도시 및 주거환경정비법에 의하여 도시환경정비사업의 정비구역으로 지정된 경우 당해 토지는 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호의 규정에 의한 ‘토지의 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당하는 것이다(재산-3600, 2008.11.3.).
2. 정비구역지정에 따른 세무회계
가. 정비구역지정 이전에 추진위원회가 승인된 경우=추진위원회 승인 시점부터 정비구역지정 이전까지는 기본계획에 나와 있는 개략적인 구역면적을 기준으로 작성된 공동주택 건립세대 및 분양면적내역과 상가 분양계획서에 의하여 부가가치세를 안분한다. 그러나 정비구역이 지정되면 확정된 정비구역 면적을 바탕으로 공동주택 건립세대 및 분양면적내역과 상가분양계획서가 수정되기에 당해 수정된 내용을 바탕으로 부가가치세 안분비율을 변동시켜야 한다.
실무적으로 위의 건축계획은 사업시행계획인가, 관리처분계획인가, 일반분양 과정을 지나면서 변동이 되므로 일반분양 공고 시에 부가가치세를 정산하여 관할세무서에 신고한다.
협력업체들 중 도시설계업체의 경우 계약서의 용역제공기간에 있어 특별한 사항이 없는 이상 정비구역지정일에 용역제공이 완성된다. 따라서 도시설계업체의 세금계산서가 정비구역지정일을 발행일로 하여 정확히 교부되었는지 여부를 검토할 필요가 있다. 그 외 정비관리업자 및 건축설계업자의 경우에도 중간지급조건부로 용역비를 지급받기로 한 경우에는 정비구역지정일에 1차중도금의 지급시기가 도래하는 것이 관행이다. 따라서 계약서를 검토하여 당해 시기에 세금계산서 또는 계산서(건축설계업자의 용역비 중 국민주택규모 이하분)가 제대로 교부되었는지 여부를 확인할 필요가 있다.
나. 정비구역지정 이후 추진위원회가 승인된 경우=정비구역지정을 추진위원회의 제안에 의하여 이루어 진 것이 아니라 시장·군수·구청장이 직접 시·도지사에게 제안하여 정비구역지정이 추진위원회 승인 이전에 이루어진 경우이다. 이 경우에는 구역지정 시 특별한 세무문제는 발생하지 않는다. 다만, 협력업체 용역비 중 정비구역지정시 용역비의 지급시기가 도래한 것에 대하여 기업회계기준 및 세법에 의하여 선급비용(자산) 및 미지급금(부채)으로 인식하는 회계처리를 하여야 한다. 용역비 집행을 하지 않았다 하여 세금계산서를 수취하지 않아 당해 회계처리를 하지 않은 경우에는 외부회계감사 시 지적사항에 해당된다. 추진위원회에서 조합설립인가까지 사용한 비용이 3억5천만원 이상인 경우는 외부회계감사를 받아야 하는데, 금액을 산정하는 기준은 현금주의가 아니라 발생주의로 산정한 비용이다.