1. 조합이 비금융기관과 금융기관에서 차입금 이자=조합이 조합운영비나 용역비 등을 충당하기 위하여 비금융기관인 시공자나 정비사업전문관리업자(단, 금융권은 제외) 등으로부터 차입한 자금에 대한 이자를 지급하는 경우에는 비금융기관에서 차입한 것이므로 비영업대금 이익으로 본다.
조합은 비금융기관에게 이자비용을 지급할 때는 이를 이자소득으로 보아 지급해야 할 금액에 25%(2015.1.1. 이후부터 지방소득세 2.5% 별도임. 총 27.5%)를 원천징수하여 그 다음달 10일까지 신고납부하면 된다.
조합원에게 지급하는 무이자 이주비관련 금융비용을 조합원을 대신하여 조합이 은행에 지급하는 경우에는 이자를 받아 가는 주체가 금융기관(주요 영업활동은 자금대출하고, 이에 상응하는 이자를 수취를 하는 업종임)이므로 비영업대금에 대한 이자비용이 아니므로 조합에서 원천징수 의무는 없다.
2. 갑근세 및 4대보험=조합장 등 임직원에게 급여나 상여를 지급하는 경우 갑근세(소득세법) 및 4대보험료(산재, 고용, 건강, 국민연금관리법)를 원천징수하여 그 다음 달 10일까지 신고 납부하여야 한다.
3. 퇴직금=도시 및 주거환경정비법에서 규정하고 있는 정비사업추진위원회에서 입사한 임직원은 조합설립인가를 받은 정비사업조합에 퇴직금이 포괄양수도 된다.
임원에 대한 퇴직금은 조합규정에 의한 가액을 퇴직연금 등 가입을 통해 지급하면 되며, 직원에 대한 퇴직금은 회사규정에 의하되 최소 근로기준법에 의한 퇴직금액 이상을 퇴직연금등 가입을 통해 지급하여야 한다.
통상적으로 정비사업조합에서는 연간 예산액에 퇴직금을 확정하여 반영한다.
4. 조합청산 및 현물 환지 시=조합의 해산 시 수익사업에서 발생한 이익을 조합원에게 분배하는 경우 배당소득으로 원천징수(지방소득세 포함하여 15.4%) 하여 잔여재산가액이 확정된 날의 다음 달 10일까지 신고납부한다.
또한 일반분양수익분의 조합원 건설비에 충당한 가액에 대하여 조합원에게 현물로 환지 시 배당소득에 대한 원천징수 문제가 발생한다.
실무적으로 현물배당에 대한 원천징수 문제는 조합 및 과세당국의 입장에서 쉽지 않은 것이 현실이지만, 현물배당에 대해서 배당소득세를 납부하지 않아도 된다는 규정은 없기에 배당소득세를 신고납부하지 않고 청산종결한 정비사업조합은 국세청으로부터 제2차납세의무자로 조합원이 지정된다.
1)대법 2008두17479, 2011.07.14.=이 사건 재건축아파트의 일반 분양과 관련하여 그 분양대금 등에서 취득원가에 해당하는 일반 분양분 토지 지분의 장부가액과 공사비 등을 공제한 금액 상당의 소득이 원고에게 발생하였고, 그 소득은 원고가 조합원들에게 그들의 출자가액을 초과하는 아파트를 분양함으로써 분배되었다고 봄이 상당하다(대법원 2010.06.10. 선고 2007두19799 판결 등 참조).
2)기준법령해석소득 2016-71, 2016.09.19.=주택재개발정비사업조합이 주택재개발정비사업을 시행하면서 일반분양(수익사업)으로 얻은 소득이 조합원분양분 주택 및 상가(비수익사업) 건축경비로 충당된 경우, 그 충당된 금액 상당액은 조합원(조합원 지위를 승계한 조합원 포함)들에게 배분된 소득세법 제17조의 배당소득인 것이다.
3)청산중인 주택재개발정비사업조합이 조합원에게 반환하는 초과부담금의 배당소득 해당여부(소득-144,2012.02.24.)=청산 중에 있는 주택재개발조합이 조합원에게 분배하는 분배금이 조합원 부담금의 과다납부로 인하여 발생한 출자금을 반환하는 것인 경우에는 의제배당에 해당되지 않는다.