도시 및 주거환경정비법상 정비사업조합의 일반분양수입은 부가가치세 과세대상이다. 그러나 도시정비법상 정비사업조합은 비영리사업을 하는 조합이므로 과세대상이 아니라고 주장하는 조합들이 있다. 이에 따라서 상반된 의견에 대해서 법원의 판결을 살펴본다(부산지방법원 2020구합22764, 2021.01.21.).
1. 부가가치세 과세대상이 아니라는 의견(부산소재 **조합 원고의 주장)=구 조세특례제한법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 조특법으로 칭함) 제104조의7제3항은 “정비사업조합이 도시정비법에 따라 해당 정비사업에 관한 공사를 마친 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물은 부가가치세법 제6조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다”고 규정하고 있다.
조합원 외에 일반에게 분양하는 토지 및 건축물에 대해서는 구 도시정비법(2010.12.27. 이전, 구 도시정비법이라 함) 제55조제2항에서 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제34조 규정에 의한 보류지 또는 체비지로 본다고 규정하고 있는데, 이는 조합원 외에 일반에게 분양하는 토지 및 건축물은 도시개발사업의 시행 등에 필요한 경비를 충당하기 위한 것으로서 과세의 대상이 되는 재화의 공급이 되지 않도록 하는 규정이므로 부가가치세법상의 거래가 될 수 없다.
설령 그렇게 보지 않더라도 조합이 이 사거 사업에 따라 일반분양하는 토지 및 건축물을 공급 내지 분양하는 경우 구 부가가치세법(2011.12.27. 이전) 제12조제1항제13호의 경우에 해당 되어 부가가치세 면세대상에 해당한다.
2. 부가가치세 과세대상이라는 의견(법원의 주장)=구 조특법 제104조의7제3항은 원고와 같은 정비사업조합이 조합원에게 공급하는 것에 한정하여 부가가치세법에 따른 재화의 공급에 해당하지 아니한다고 명확히 규정하고 있으므로, 위 규정은 정비사업조합인 원고가 일반에게 아파트를 공급한 것에 관하여 적용할 수 있는 조항이 아니다.
구 도시정비법 제55조제2항은 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 보류지 또는 체비지로 본다고 규정하고 있다. 보류지는 사업시행자가 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하거나 규약, 정관, 시행규칙 또는 실시계획으로 정하는 목적을 위하여 환지로 지정하지 않은 토지를 말하고 그 중 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하기 위하여 환지로 지정하지 않은 토지를 체비지라고 한다.
그런데 구 도시개발법 제55조는 그 표목인 대지 및 건축물에 대한 권리의 확정과 같이 토지등소유자(조합원)에 분양하는 대지 또는 건축물을 환지로 보고, 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 보류지 또는 체비지로 보아, 각각의 소유권 취득시기나 종전대지 또는 건축물에 설정된 권리의 이전 여부 등의 권리관계를 확정하기 위한 조항으로 해석될 뿐이므로 위 법 조항에 의하여 정비사업조합이 일반에게 건축물 등을 공급하는 것이 부가가치세법의 부과대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 보거나 일반에게 토지를 공급하는 것으로 보아 부가가치세의 면세대상으로 볼 수는 없다. 따라서 원고(조합측)의 주장은 이유 없다.
3. 원고(조합측)의 기 신고 부가가치세가 당연무효라는 주장에 대한 법원 의견=부가가치세와 같은 신고납세방식의 조세에서는(대법원 2006.1.13. 선고 2004다64340 판결) 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이다. 국가나 지자체는 그와 같은 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연 무효로 되지 않는 한 그것이 바로 부당이득이 된다고 할 수 없다.