도시 및 주거환경정비법 상 정비사업조합은 조세특례제한법에서 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 위 사업에서 어떠한 소득이 생기더라도 이는 법인세 과세대상인 수익사업에서 생긴 소득이라 할 수 없다(부산고등법원-2018-누-20238).
1. 정비사업조합의 주장=정비사업조합의 조합원들에 대한 분양은 수익사업이 아닐 뿐만 아니라 조합원청산금은 조합원들의 출자에 해당하므로 법인세 과세소득인 사업연도 소득을 산정함에 있어서 익금의 범위에 포함되지 않는다. 따라서 조합원청산금을 익금에 포함시켜 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
2. 법원의 판단=비영리내국법인에 대하여는 부동산 양도소득 외에 각 사업연도의 소득에 대해서만 법인세를 부과하는데(법인세법 제3조제1항), 여기서 각사업연도 소득은 수익사업에서 생기는 소득을 말한다(법인세법 제3조제3항). 그리고 2003.6.30. 이전에 주택건설촉진법에 의하여 조합설립인가를 받은 재건축조합으로 도시정비법으로 전환됨에 따라 법인으로 등기한 조합이 법인세법에 따라 법인세 신고를 한 경우에는 해당 사업연도부터 비영리내국법인으로 보아 법인세를 적용한다(조세특례제한법 제104조의7제1항).
해당 조합은 2003.1.21. 주택건설촉진법에 의하여 조합설립인가를 받은 후 2003.7.30. 도시정비법이 정하는 바에 따라 법인등기를 하였고 2013년 사업연도부터 2015년 사업연도까지 법인세법에 따라 법인세 신고를 한 사실이 인정되므로 조합은 비영리내국법인 규정이 적용된다.
조세특례제한법시행령 제104조의4에서는 정비사업조합이 관리처분계획이 따라 조합원에게 종전의 토지 등을 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 위 사업에서 어떠한 소득이 생기더라도 이는 법인세 과세대상인 수익사업에서 생긴 소득이라 할 수 없으므로 이에 대하여 법인세를 부과할 수 없다.
국세청은 조합원분양사업은 재건축조합이 조합원에게 조합원 소유 종전부동산과 동일한 가치의 부동산을 공급하는 경우만을 가르킨다고 주장하나 관련규정을 축소 해석할 합리적 근거를 찾을 수 없고, 오히려 이와 같이 해석한다면 조합원분양사업의 익금과 손금은 항상 동일할 것이므로 조합원분양사업에 관하여 과세대상이 아니라고 특별히 규정할 이유도 없다. 즉, 비영리내국법인으로 규정한 자체가 비합리적이다.
내국법인의 각 사업연도 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액을 말하는데, 여기서 익금은 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로서 자본 또는 출자의 납입은 익금에서 제외되고(법인세법 제15조제1항), 손금은 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로서 자본 또는 출자의 환급은 손금에서 제외된다(동법 제19조제1항).
재건축조합의 사업은 조합설립에 동의한 토지 및 건축물의 소유자들을 조합원으로 하여 이들로부터 토지및건물을 현물출자 받아 건물을 신축한 후 이를 조합원들에게 공급하는 사업인 바, 조합원이 현물출자 가액에 미달하는 토지와 건물을 공급받고 그 차액에 해당하는 청산금을 조합으로부터 수령하는 경우 그 청산금이 출자의 환급에 해당함은 분명해 보이므로 그 반대의 경우 즉, 조합원이 현물출자한 가액을 초과하는 토지와 건물을 공급받고 그 차액에 해당하는 청산금을 조합에 지급하는 것은 추가적인 출자의 납입이라 봄이 타당하다.
뿐만 아니라 정비사업조합은 토지등소유자들을 구성하는 법인의 단체로서 법인세법에서 말하는 익금은 법인의 순자산을 증가시키는 거래를 전제로 하는 것인데, 정비사업조합과 조합원들 사이에 현물출자 이외의 어떠한 별도의 거래가 있다고 보기도 어럽고, 법인세법시행령에 의하더라도 위와 같은 청산금을 익금의 범위에 포함시킬 근거가 될 만한 규정을 찾을 수 없다. 따라서 정비사업조합이 자기지분을 초과하여 분양을 받은 조합원으로부터 받은 청산금은 법인세 과세대상에서 제외된다고 보아야 한다.