1. 청산금의 내용=대지 또는 건축물을 분양받은 조합원(분양신청을 하여 분양계약을 체결한 조합원)이 종전에 소유하고 있던 토지 및 건축물의 가격과 분양받은 부동산의 가격 사이에 차이가 있는 경우 사업시행자(정비사업조합)는 이전고시가 있은 후에 그 차액에 상당하는 금액(청산금)을 분양받은 자로부터 징수하거나 분양받은 자에게 지급하는 것이 원칙이다.
그러나 정비사업조합(사업시행자)은 정관 등에서 분할징수 또는 분할지급을 정관에서 정하고 있거나, 조합총회의 의결로 징수 또는 지급 방법을 따로 정한 경우에는 관리처분계획인가일 후부터 이전고시일까지 일정 기간별로 분할징수, 지급할 수 있다.
분양신청을 하지 않은 자, 분양신청을 하였으나 분양계약을 하지 않은 자, 분양을 철회한자, 분양자격이 없는 자 등에게는 정비사업조합이 관리처분계획인가일부터 이주 또는 철거일 사이에 청산금을 일시에 지급한다. 이러한 청산금을 수령한 자는 종전가액을 평가한 감정평가금액으로 부동산 가격을 산정하여 지급하는 것이 원칙이다.
2. 청산금 징수와 지급 방법=청산금을 납부할 조합원이 이를 납부하지 아니하는 경우에는 시장·군수인 사업시행자는 지방세체납처분의 예에 의하여 이를 징수(분할징수 포함)할 수 있으며 시장과 군수가 아닌 사업시행자는 시장과 군수에게 청산금의 징수를 위탁할 수 있다.
청산금을 지급받을 조합원이 이를 거부하거나 받을 수 없는 경우에 사업시행자는 그 청산금을 공탁할 수 있다. 청산금을 지급받을 권리 또는 이를 징수할 권리는 이전고시일의 담음 날부터 5년간 이를 행사하지 않으면 소멸한다.
3. 청산금의 양도소득세=정비사업조합으로부터 청산금의 지급을 받은 조합원은 종전부동산의 양도에 해당된다. 청산금을 분할로 지급받을 경우의 양도시기는 잔금청산일이 원칙이다. 부동산의 이전고시일까지도 청산금을 받지 못한 경우의 양도시기는 이전고시일의 다음날이다. 따라서 청산금을 이전고시일까지 수령 하지못했다고 양도소득세의 신고를 하지 아니한다면 양도소득세의 무신고로 인하여 가산세가 부과되니 유의해야 한다.
정비사업조합에 청산금을 납부한 경우 납부한 청산금은 부동산의 취득가액에 포함된다. 따라서 신축된 부동산을 양도할 때 납부한청산금을 취득가액에 가산하여 양도소득세를 계산한다.
4. 청산금의 조합회계 반영=청산금의 지급은 조합회계에서 현물출자금의 반환에 해당된다. 다만 현물과 현금출자금을 초과하는 경우 청산금의 지급액은 배당소득(일반분양분에서의 이익)으로 과세되고, 이에 대한 배당소득세 원천징수 의무는 조합에 있다.
청산금의 불입액은 현금출자금으로 법인세법상 수익사업인지의 여부에 대해서 국세청은 수익사업으로 해석하고 있고, 학계와 실무에서는 수익사업에 의한 수입으로 보고 있지 않는다. 그런데 대법원 판례(대법 2018두54040, 2018.12.6.)에서 청산금불입액은 조합의 수익사업에 해당되는 익금으로 보지 않는다고 판시하고 있음으로 국세청의 주장은 더 이상 효력이 없다고 판단된다. 서울시 정비사업조합등 예산회계규정에서는 청산금징수액을 조합원분양선수금으로 회계처리하도록 하고 있다.