1. 주택 등의 분양에 따른 수익사업=조합원에게 분양하는 주택 및 상가 등은 재화의 공급에 해당되지 않아서 부가가치세가 과세되지 않는다. 즉 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 것은 수익사업으로 보지 않는다.
일반분양분은 부가세상으로 재화의 공급에 포함되고 수익사업에 해당되어 법인세 과세대상이다. 일반분양분 중에서 전용면적 85㎡ 초과되는 주택은 건물분에 대하여 부가세가 과세되고 상가분양분도 건물에 대하여 부가세가 과세된다.
2. 준공인가 등의 내용=정비사업조합은 정비사업 공사완료에 따른 시장·군수에게 준공인가를 받아야 한다. 정비구역 지정해제는 준공인가 고시일의 다음날이다. 준공인가를 하거나 공사완료를 고시하는 경우 시장·군수 등이 인·허가 등에 따른 준공검사, 준공인가, 사용검사, 사용승인에 관하여 관계행정기관장과 협의한 사항은 해당 준공검사·준공인가를 받은 것으로 본다.
3. 양도소득세
1) 취득시기=최초 조합원이 조합으로부터 공급받은 부동산의 취득시기는 환지로 보므로 최초 조합원이 원시에 취득한 날이 취득시기이다. 즉 관리처분계획인가일이 취득시기가 아니다. 다만 증가된 주택 또는 상가의 부수토지가 있는 경우는 이전고시일(환지처분)의 다음날과 건축물완공일(사실상 사용일, 보존등기일 중 빠른 날) 중 빠른 날을 그 취득일로 본다. 승계조합원의 부동산 취득시기는 입주권승계일이 아닌 당해 조합부동산의 사용검사필증교부일(사실상의 사용일 또는 사용승인일)이 된다.
2) 일시적 1세대 2주택=최초 조합원의 경우 조합으로부터 공급받는 주택의 취득시기는 환지규정에 의거 종전주택의 취득시기로 소급된다. 따라서 관리처분계획에 의하여 조합으로부터 공급받는 주택은 일시적으로 1세대 2주택 비과세 특례의 적용 시 새로운 주택에 해당되지 않는다. 즉 최초부터 준공 이후까지 1세대 1주택으로 보아 양도소득세가 과세된다.
그러나 관리처분계획에 의하지 않고 추가적으로 공급받는 주택은 일반분양자와 동일한 성격이므로 새로운 주택으로 보아 일시적 2주택 비과세 특례를 받을 수 있다. 즉 조합원으로부터 승계받은 주택, 일반분양 받은 주택 그리고 타구역에 있는 주택을 각각 주택 수로 본다.
승계 조합원 또는 일반분양자가 조합으로부터 공급 또는 분양받는 주택의 취득시기는 완성일 또는 등기접수일 등이기에 일시적 1세대 2주택 비과세 특례 적용 시 새로운 주택으로 본다. 관리처분계획인가일부터 주택 등의 완성 일까지는 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보나 건축물이 완공된 이후에는 부동산으로 보아 양도소득세를 과세한다.
3) 준공 시의 회계처리=준공시점에서 미완성공사(미분양분 주택 또는 상가 등)을 완성건축물로 대체한다. 완성건축물 중에서 조합원분에 해당되는 것은 유형자산으로 회계처리하고 일반분양분에 대하여는 재고자산 처리한다. 보류지는 재고자산에 해당된다. 미분양된 건축물은 재고자산으로 남겨두고 일반분양된 것은 매출에 대응하는 매출원가로 계정 대체한다. 조합은 준공인가 신청일부터 7일 이내 외부회계감사를 받아야 한다.