1. 시공사 선정=조합은 조합설립인가(서울시는 사업시행계획인가)를 받은 후 조합총회에서 경쟁입찰 또는 수의계약(2회 이상 경쟁입찰이 유찰된 경우로 한정)의 방법으로 건설업자 또는 등록사업자를 시공자로 선정한다.

다만 조합원이 100인 이하인 정비사업은 조합총회에서 정관으로 정하는 바에 따라 선정할 수 있다. 또한 토지등소유자가 20인 미만인 경우에는 토지등소유자가 직접 시행하거나 토지등소유자의 과반수 동의를 받아 적격시행자와 공동으로 시행하는 방법에 따라 재개발사업을 시행하는 경우에는 사업시행계획인가를 받은 후 규약에 따라 건설업자 또는 등록사업자를 시공자로 선정한다.

가. 일반경쟁입찰=추진위원장 또는 사업시행자는 이 법 또는 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 계약을 체결하려면 일반경쟁에 부쳐야 한다. 대통령령으로 정하는 규모를 초과하는 계약은 전자조달의 이용 및 촉진에 관한 법률에 따라 국가종합전자조달시스템을 이용해야 한다.

나. 지명경쟁입찰 또는 수의계약=계약규모, 재난의 발생 등 대통령령으로 정하는 경우에는 입찰참가자를 지명하여 경쟁에 부치거나 수의계약으로 할 수 있다. 예를 들면 계약의 성질 또는 목적에 비추어 특수한 설비, 기술, 자재, 물품 또는 실적이 있는 자가 아니면 계약의 목적을 달성하기 곤란한 경우로서 입찰대상자가 10인 이내인 경우 등이다.

2. 시공사 선정과 부가가치세=시공사가 선정되면 시공사는 일반적으로 정비사업조합에 자금을 대여한다. 시공사가 입찰참여 목적으로 정비사업조합에 예탁한 임찰보증금을 대여하여 주는 것이 일반적이다. 정비사업조합은 부채로 계상되어 있는 입찰보증금을 시공사차입금으로 계정재분류 한다.

자금을 대여 받은 정비사업조합은 정비사업추진위원회부터 시공사 선정까지 사업비와 운영비를 미지급한 것에 대하여 일괄적으로 자금을 집행한다. 자금 집행할 때에 관련 계약서, 용역보고서, 용역성과품, 국민주택규모 이하 주택건설용역에 대한 조세특례제한법 상의 세금계산서와 계산서의 구분 수취, 원천징수영수증, 현금영수증, 확인서, (간이)영수증 등에 대한 관련 서류와 증빙을 대조하여야 한다.

부가가치세의 매입세액공제는 세금계산서 등의 발행일자, 관계되어 있는 계약서 등 서류와 일치하는지가 중요하다. 용역계약서의 용역대금 지급조건과 세금계산서 발행일자가 상이할 경우는 부가가치세의 매입세액공제가 아니 된다.

3. 시공사선정과 법인세=입찰에 참여하는 시공사는 입찰보증금, 이행보증금을 조합에 예치한다. 해당 예치금 중 시공사선정을 위한 시공사선정 총회에서 선정된 시공사는 총회비용을 본인들이 통상적으로 부담한다. 총비비용을 입찰보증금 등 예치금에서 공제하고 남은 잔액은 정비사업조합의 시공사차입금으로 전환된다. 조합에서는 무상으로 지원받은 총회비용에 대한 증빙을 조합명의로 수취하여야 하며, 무상증여 받은 총회비는 자산수증이익으로 영업외수익으로 회계처리 한다.

총회비용에 대한 증빙을 시공사가 수취하고, 대금도 시공사의 자금으로 지출했다면 조합에서의 입찰보증금 변동 없이 시공사차입금으로 계정만 대체된다.

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