1. 정비사업조합의 설립인가에 따른 세무 및 회계=조합설립인가 후 30일 이내에 정비사업추진위원회는 관할 상업등기소에 정비사업조합 법인 등기를 하여야 한다.
조합설립등기가 완료되면 정비사업추진위원회는 정비사업조합 법인으로 조직변경이 된 것으로 의제된다. 이에 따라서 관할 세무서에 명칭변경에 따른 사업자등록증 정정신고를 한다.
2. 정비사업추진위원회의 외부회계감사=정비사업추진위원회에서 정비사업조합으로 관련 자료가 포괄 양수도로 인계되기 전까지 납부 또는 지출된 금액과 계약 등으로 지출이 확정된 금액의 합계액이 3억5,000만원 이상인 경우에 외부회계감사를 받아야 한다.
3억5,000만원의 회계처리 기준은 현금주의가 아니라 발생주의에 의한 회계처리를 말한다.
도시정비법에 의거 정비사업추진위원회에서 정비사업조합으로 인계되기 전 7일 이내에 주식회사의 외부회계 감사에 관한 법률 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받아야 한다.
따라서 추진위원회 승인일부터 조합설립인가일 전일까지의 수입과 지출 등에 대한 외부회계감사를 조합으로 관련서류가 포괄 양수도 되기 전 7일 이내에 회계감사를 받아야 한다.
3. 종전토지 및 건축물 평가액에 대한 회계처리=국세청 예규에서는 조합설립인가일과 신탁등기일 중 빠른날을 기준으로 종전부동산을 평가하여 현물출자금으로 회계처리하도록 하고 있다.
그런데 실무적으로 조합설립인가일 또는 신탁등기일 기준으로 종전건축물 평가하는 것은 비용부담(감정평가법인에 지출하는 감정평가 수수료)으로 거의 모든 정비사업조합이 실시하지 않고 있다.
실무적으로는 정비사업조합이 관리처분계획인가를 받기 위하여 사업시행인가일 기준으로 실시하는 종전토지 및 건축물 평가를 현물출자금으로 회계처리하고 있다.
최근에는 법인세의 부담을 감소시킬 목적으로 관리처분계획인가일 기준으로 종전토지 및 건축물을 감정평가하는 정비사업조합이 증가하고 있는 추세이다.
4. 조합원 부동산이 조합으로 현물출자 시 양도세=세법에서 양도는 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.
이와 같은 논리로 보면 도시정비법상의 조합원은 조합설립인가일을 기준으로 조합원 부동산을 조합에 현물출자 하는 것이므로 세법상의 양도로 보아 양도소득세를 과세하는 것이 타당하다.
도시개발법 등에서는 법률에 따른 환지처분으로 지목, 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 세법상의 양도규정에도 불구하고 소득세법 제88조에서 양도로 보지 않도록 하고 있다.
도시의 낙후지역 및 밀집지역에 대한 정비사업은 공공이익이 포함되어 있어서 양도로 보지 않고 환지로 인정한 것이다. 따라서 도시정비법에 의한 정비사업은 도시개발법에 의한 환지방식을 준용하므로 조합원이 조합에 현물출자하는 부동산에 대하여 양도로 보지 않는다.
5. 조합설립인가 이후에서 관리처분계획인가 전까지 부동산매매에 따른 양도소득세=조합설립인가일 이후부터 관리처분계획인가일까지 도시정비법상 조합원권리가 있어도 당해 기간 중에 양도하는 조합원권리는 소득세법상 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도가 아니라 부동산의 양도로 본다.
왜냐하면 도시정비법 규정에 불구하고 소득세법에서는 관리처분계획인가일 이후에야 종전부동산이 부동산을 취득할 수 있는 권리로 전환되기 때문에 관리처분계획인가일 이전에 처분하는 도시정비법 상의 조합원자격 양도는 부동산의 양도로 보기 때문이다.